Der heutige Kirchbau von St. Mauritius vereint die Reste der neugotischen Architektur, von 1861-1864 entworfen vom zweiten Domwerkmeister Vincenz Statz, mit der vom Berliner Architekten Fritz Schaller entworfenen Neugestaltung von 1956 bis 1957.

Der Kirchort selbst ist wesentlich älter. Möglicherweise befand sich am Platz, außerhalb der römischen Stadtmauer, bereits in karolingischer Zeit eine Kapelle. Zur Stauferzeit stieg die Einwohnerzahl Kölns auf über 20 000 Menschen an; Köln wurde eine wichtige wirtschaftliche, politische und kirchliche Metropole und der Bedarf an Kirchorten wuchs damit an. Im Auftrag der Abtei St. Pantaleon wurde eine neue Pfarrkirche errichtet, die dem seit ottonischer Zeit besonders verehrten Reichsheiligen Mauritius geweiht war. Die Grundsteinlegung erfolgte 1135 und der Pfarrkirche wurde ein Benediktinerinnenkloster angegliedert. Beide Bauwerke waren 1141 fertiggestellt. Die Pfarrkirche war die erste vollständig in Kreuzgratstruktur eingewölbte romanische
Architektur im Rheinland.
Nach der Säkularisation 1802 verfiel die Basilika; der Westturm wurde 1830 und das gesamte Kirchengebäude 1859 abgetragen. Bereits zwei Jahre später begann der Neubau im Stil der Neogotik. Die Bombenangriffe des Zweiten Weltkrieges zerstörten große Teile dieser Kirche; die verbliebenen Reste mit dem vollständig erhaltenen neugotischen Turm wurden in die moderne Architektur eingefügt. Der heutige Bau ist eine harmonische Mischung aus historischen und zeitgenössischen Elementen.